De Kroniek van het Margarethaklooster staat in hetzelfde handschrift (fol. I-VI, VII, VIIv[onderaan]), waarin ook het Cartularium te vinden is.
De Kroniek verhaalt over de stichting als convent van Franciscanessen en de overgang naar de strengere regel van St. Augustinus. Dat het een rijk klooster was blijkt wel uit het feit dat er versieringen in de Kroniek staan.
Het handschrift is ondergebracht in het Streekarchief Midden-Holland (SAMH, Archieven van de kloosters te Gouda, inventarisnummer 0091. 95).